Směrnice SME-26 Správa programů stanovuje pravidla pro správu programů a rozdělení odpovědností při jejich přípravě a realizaci. Proces popisuje postup návrhu tématu programu, jeho zpracování, projednání RVVI a schválení vládou ČR, finální administrativní úkony a zveřejnění. Proces popisuje také posouzení a řešení evaluací, které jsou stanovené směrnicí SME-39 Evaluace.