Tento ad-hoc proces řeší úpravy schváleného programu. U změn dle § 5 odst. 3 ZPVV (podstatné změny) se postupuje dle subprocesů 3. a 4. verze návrhu, zatímco ostatní změny schvaluje pouze Předsednictvo TA ČR. Pokud změna zahrnuje úpravu rozpočtu, postupuje se dle metodiky MET-08. Programový pracovník zajišťuje promítnutí změn do systémů SISTA a IS VaVaI CEA, případně informuje Evropskou komisi přes ÚOHS. Návrhy na změnu mohou rovněž vyvolat aktualizaci evaluačního rámce programu.