Doručením formuláře F-185 Oznámením zahájení veřejnosprávní kontroly společně s Pověřením ke kontrole (formuláře F-183) je zahájena kontrola dle § 5 zákona č. 255/2012 Sb., o kontrole (kontrolní řád). Kontrola je prováděna fyzicky v místě sídla kontrolované osoby nebo v místě, kde se nachází předmět veřejné finanční podpory, za účasti kontrolované osoby v následujících dnech. Vedoucí kontrolní skupiny seznámí zástupce kontrolované osoby s plánovaným průběhem VSK, s právy a povinnostmi kontrolované osoby a členů kontrolní skupiny. Členové kontrolní skupiny provedou VSK dle předem stanoveného předmětu a rozsahu. V průběhu kontroly si členové kontrolní skupiny mohou vyžádat doložení a vysvětlení dalších dokumentů a skutečností a fyzické představení výsledků projektu.V odůvodněných případech může vedoucí kontrolní skupiny provést zajištění originálů kontrolovaných dokladů. O zajištění dokladů vystaví kontrolované osobě Potvrzení o zajištění dokladů kontrolované osoby (formulář F-187). Vedoucí kontrolní skupiny zajistí vrácení originálů zajištěných dokladů kontrolované osobě bez zbytečného odkladu poté, co pomine důvod jejich zajištění, a zajistí potvrzení přijetí dokladů kontrolovanou osobou Potvrzení o vrácení zajištěných dokladů kontrolované osoby (formulář F-236). Vedoucí kontrolní skupiny ve spolupráci s členy kontrolní skupiny vyhotoví Protokol o kontrole (formulář F-188) a do 30 dnů ode dne posledního kontrolního úkonu (ve složitějších případech do 60 dnů). Protokol o kontrole je zaslán kontrolované osobě prostřednictvím datové schránky.