Správce rozpočtu stanoví rozsah řídící následné kontroly, od hlavního účetního a oddělení nákupu si obstará patřičnou dokumentaci k provedení následné kontroly a ustanoví kontrolní skupinu, které dokumenty předá. Kontrolní skupina zkontroluje, zda u vybraného vzorku bylo postupováno v souladu s vnitřními předpisy organizace při zvolení formy výběru provedení výdaje, zda byla provedena předběžná a průběžná řídící kontrola, zda došlo k uskutečnění výdaje nebo přijetí příjmu na bankovní účet a zda jsou k dokladům přiloženy všechny potřebné doklady a prověří dodání zboží čí služby. Výsledek kontroly zapíše do formuláře F-242 Záznam o provedení následné kontroly. Správce rozpočtu pak výsledek kontroly vyhodnotí a společně s návrhem preventivního opatření o tom informuje přesedu TAČR a příkazce operace. Příkazce operace by posléze měl zavést nápravná opatření.