Vedoucí kontrolní skupiny posoudí opodstatněnost námitek. Vedoucí kontrolní skupiny může rozhodnout o námitkách sám v Rozhodnutí o námitkách k protokolu o kontrole (formulář F-191), jestliže jim v plném rozsahu vyhoví, a to do 7 dnů od doručení námitek. Nevyhoví-li vedoucí kontrolní skupiny námitkám proti protokolu o kontrole sám do 7 dnů od jejich doručení, předá vedoucí kontrolní skupiny námitky spolu se svým stanoviskem prostřednictvím vedoucího oddělení kontrol k vyřízení řediteli Kanceláře TA ČR. Ředitel Kanceláře TA ČR rozhodne o námitkách tak, že jim vyhoví, částečně vyhoví nebo je zamítne. Rozhodnutí o námitkách musí být odesláno kontrolované osobě prostřednictvím datové schránky 30. den od doručení námitek (v odůvodněných případech do 60 dnů od doručení námitek.