Nesouhlasí-li kontrolovaná osoba s kontrolními zjištěními uvedenými v Protokolu o kontrole (formulář F-188), může podat kontrolnímu orgánu (TA ČR) ve lhůtě stanovené v tomto protokolu (min. 15 dnů ode dne doručení protokolu) námitky proti kontrolnímu zjištění. Námitky se podávají písemně do datové schránky TA ČR. Musí z nich být zřejmé, proti jakému kontrolnímu zjištění směřují, a musí obsahovat odůvodnění nesouhlasu s tímto kontrolním zjištěním. Pokud kontrolovaná osoba nedoloží průkazné doklady pro svá tvrzení a relevantním způsobem nevyvrátí zjištění uvedená v Protokolu o kontrole, na námitky nemůže brát zřetel.