V případě porušení smlouvy o poskytnutí podpory vypracuje administrátor projektů Oznámení o uložení smluvní pokuty (formulář F-405), ve kterém stanoví lhůtu pro uhrazení smluvní pokuty. Oznámení poté zašle příjemci a kopii oznámení rovněž předá hlavnímu účetnímu.
V případě podezření na porušení rozpočtové kázně vypracuje administrátor projektů Výzvu k vrácení podpory (formulář F-406) a poté informuje uchazeče o identifikovaném podezření. Kopii výzvy také předá hlavnímu účetnímu.