Tento proces popisuje postup od posouzení porušení smlouvy o poskytnutí podpory, dále informování příjemce a případné vyhodnocení podaných námitek, až po kontrolu uhrazení smluvní pokuty či vrácení podpory. Administrátor projektů průběžně informuje Předsednictvo TA ČR o počtu případů porušení smlouvy o poskytnutí podpory, počtu uhrazených smluvních pokut, výši podpory vrácené na základě výzvy či počtu případů neuhrazených pokut, které byly předány na příslušný finanční úřad.