Administrátor projektu vyhodnotí rizika na základě zjištěných porušení smluvních podmínek či jiných zjištěnění ovlivňujících realizaci projektu. O zvýšeném riziku informuje oddělení monitoringu a administrace, a v případě zásahu rizika do vyplácení podpory informuje také hlavního účetního. Na základě zjištěných rizik dále pozastaví poskytnutí podpory, případně vypracuje návrh na pozastavení podpory, který předloží řediteli odboru realizace programů a kontrol.