V případě, že je potřeba upravit rozpočet TA ČR, správce rozpočtu rozhodne o druhu rozpočtového opatření. Ředitel Kanceláře TA ČR a Ministerstvo financí schvalují snížení nebo zvýšení rozpočtu TA ČR nad rámec schváleného rozpočtu zákonem. V případě rozpočtové úpravy dle odst. 2 provede správce rozpočtu interní rozpočtové opatření v účetním systému EIS JASU CS a následně ho odešle do IISSP. V případě rozpočtové úpravy dle odst. 3 připraví správce rozpočtu potřebné podklady dle pokynů Ministerstva financí a v IISSP zadá toto rozpočtové opatření. Zároveň předloží podklady řediteli Kanceláře TA ČR ke schválení a k podpisu. Správce rozpočtu obdrží informaci prostřednictvím IISSP a datové schránky, zda bylo rozpočtové opatření ze strany Ministerstva financí schváleno. Po schválení rozpočtového opatření Ministerstvem financí zapracuje správce rozpočtu změnu do účetního systému EIS JASU CS a informuje ředitele Kanceláře TA ČR.