Tento proces popisuje postup od vypracování plánu monitorovacích kontrol, dále zajištění monitorovací kontroly, až po jednání oponentní komise a monitorovací návštěvu v místě realizace. Veškeré relevantní dokumenty z oponentního řízení či monitorovací návštěvy jsou poté nahrány do ISTA. Protokoly z jednání oponentní komise jsou rovněž předloženy předsednictvu TA ČR.